Відділ координує наукову роботу співробітників кафедр, як клінічного так і теоретичного профілю ВНМУ ім. М. І. Пирогова (Університет), а також підрозділів університету, які залучені до даної роботи та є надзвичайно багатоплановою.

Робота наукового відділу включає в себе діяльність, що спрямована на вдосконалення та забезпечення процесів системи якості управління підготовкою наукових та науково-педагогічних кадрів, контроль за науковою та науково-технічною діяльністю і впровадженням результатів цієї роботи у теоретичну і практичну діяльність закладів вищої освіти та охорони здоров'я.

Діяльність наукового відділу є невід’ємною складовою роботи Університету, що забезпечує інтеграцію освіти, науки і практики відповідно до стандартів, які впроваджені в Європейському та світовому просторі.

Метою діяльності наукового відділу Університету є:

• одержання і використання нових наукових знань на основі новітніх досягнень науково-технічного прогресу, забезпечення якісної підготовки фахівців для усіх галузей охорони здоров’я, фармації та біології, наукових та науково-педагогічних кадрів вищої кваліфікації;
• розв’язання комплексних задач у сфері наукового розвитку;
• впровадження та використання наукових і науково-практичних результатів в Україні і на світовому ринку;
• структурна та управлінська оптимізація та активізація науково-дослідницької діяльності в Університеті;
• інтеграція академічної, університетської та галузевої науки;
• координація міждисциплінарних наукових зусиль в єдину систему інформаційного середовища Університету;
• збільшення обсягів досліджень і розробок учених закладу;
• проведення кон’юнктурних досліджень ринку наукових послуг, патентно-ліцензійної роботи, здійснення маркетингового, інформаційного забезпечення та трансферу науково-технічної продукції відповідно до міжнародних стандартів;
• розвиток наукової творчості студентів, аспірантів, докторантів та усіх науково-педагогічних працівників Університету.